Para mejorar la seguridad existen muchos scripts y utilidades pero las que no pueden faltar en servidores con muchos usuarios son CXS de configserver y CloudLinux.
CXS es una potente herramienta que mantendra tus servidor y sitios de clientes libre de malware, te ayudara a proteger los sitios Wordpress y otros CMS en tu servidor. CXS realiza scanners regularmente en busca de malware, tambien detecta malware y archivos maliciosos en tiempo real subidos por ftp y desde scripts. La configuracion es un poco compleja para que funcione correctamente y se debe abonar una licencia de aprox. US$40 por unica vez.
CloudLinux convierte tu sistema operativo Centos a CloudLinux. La instalacion es muy sencilla. Este nuevo sistema operativo te permitira limitar el uso de recursos individualmente para cada usuario. Lo principal es que cuando una cuenta falle no perjudicara otras, osea al alcanzar un x limite la cuenta quedara suspendida y el servidor seguira funcionando normalmente.
Tambien CloudLinux incluye CageFS, una modificacion sobre el sistema operativo que encapsula cada cuenta de hosting en su propio espacio virtual, previniendo que otros usuarios del servidor puedan ver que usuarios se hostean en la máquina, escanear archivos vulnerables o intentar escalar privilegios para ganar el acceso root.
Otras mejoras incluidas en CloudLinux son MySql Gobernor para limitar uso de mysql por usuario, PHP selector para que cada usuario pueda cambiar entre versiones de PHP y mod_lsapi utilizado para mejorar el rendimiento de PHP.