La mejor forma de aumentar el costo por click es tener un buen sitio web con contenido relevante. Luego hay cientos de formas de mejorar.
Mantener CTR por encima de 1.5% Si publicas bloques pero no hacen clicks es recomendable quitarlos, esto aumentara tu CTR y evitaras publicidad que ocupe lugar en tu sitio y no genere ingresos.
Los anuncios primero en tu html seran los mejor pagos, no creo que los anuncios en la parte superior sean los que mas ingresos dejen pero es importante que si no dejan ingresos los quites para que los anuncios inferiores queden primeros en el html. Por ej. si tienes un anuncio en la parte derecha superior con minimos clicks que esta primero en el html y al pie de pagina tienes un anuncio que genera muchos clicks, seria recomenable quitar el anuncio superior y deberia aumentar el CPC del anuncio inferior.
Asegurate de tener correctamente las etiquetas de titulo y descripcion. Nunca olvides incluir una unica etiqueta h1 para el titulo principal y una o dos etiquetas h2. Intenta resaltar con < strong > tus palabras importantes.